Na twee zeer hoog gewaardeerde films over het beroemde beertje Paddington uit de verhalen van Michael Bond kiest Paddington in Peru een wat andere koers. Paul King droeg het stokje over aan debuterend regisseur Dougal Wilson en de actie is verplaatst van Londen naar de jungle van Zuid-Amerika. Daarmee is het een wat minder knusse film geworden dan zijn voorgangers, maar het blijft een heerlijk avontuur vol humor voor jong en oud. De computeranimaties zijn weer prachtig gecombineerd met echte acteurs.

Het avontuur in deze derde Paddington-film begint als de naar Engeland geëmigreerde beer een brief krijgt van het bejaardenhuis in Peru, waar zijn tante Lucy woont. Paddington en de familie Brown besluiten haar op te zoeken, maar bij aankomst in Peru blijkt Lucy te zijn verdwenen. Het gezelschap begint een zoektocht en komt in contact met rivierbootkapitein Hunter Cabot (Antonio Banderas), die op het spoor is van de legendarische stad El Dorado.